員工薪資扣繳怎麼報才對？扣繳憑單申報期限與常見錯誤解析

發薪水看似簡單，扣繳申報卻藏著不少眉角

每個月準時發薪水，對老闆來說似乎只是把數字匯入員工帳戶這麼簡單，但仲達稅務記帳士事務所在協助新北中和地區、乃至雙北地區企業主處理薪資作業時發現，扣繳稅額算錯、免稅項目認定錯誤、扣繳憑單逾期申報，都是雇主常常在不知不覺中踩到的地雷，一旦國稅局查核，補稅事小，行政裁罰才是真正的麻煩。若你正在尋找值得信賴的中和記帳士推薦人選，以下整理的常見錯誤，建議每一位雇主都花幾分鐘檢視一遍。

員工薪資申報常見疏漏

扣繳稅額怎麼算，別套錯級距

員工薪資所得扣繳，應依「各類所得扣繳率標準」及財政部公告之薪資所得扣繳辦法辦理，實務上分成兩種情形：

• 員工已填報「薪資所得受領人免稅額申報表」：雇主應依員工有無配偶及受扶養親屬人數，適用財政部每年公告的「薪資所得扣繳稅額表」計算應扣繳稅額。
• 員工未填報免稅額申報表：依規定應一律按全月給付總額扣取 5%（若每月應扣繳稅額未達新台幣 2,000 元，可免予扣繳）。

不少公司誤以為所有員工都一律套用扣繳稅額表，忽略了「未填表要扣 5%」這個規定，導致扣錯金額，不僅每月扣繳不準確，也可能造成員工年度所得稅負與預期落差過大，衍生員工端的抱怨與爭議。

伙食費、加班費等免稅項目別搞混

員工每月伙食費（含加班誤餐費）在新台幣 3,000 元以內可免計入薪資所得課稅（此上限自民國 112 年 1 月 1 日起由 2,400 元調高，現行仍適用），超過部分則應併入薪資所得課稅。

加班費免稅則有更明確的時數限制：依《所得稅法》第 14 條及相關函釋，平日延長工時每月 46 小時以內的加班費免稅（如經工會或勞資會議同意延長工時，最長可至每月 54 小時，惟三個月合計不得超過 138 小時）；於例假日、休息日或國定假日加班，其在 8 小時以內之加班費，不受上述時數限制，同樣免納所得稅。超過免稅時數的部分，仍須併入薪資所得課稅並列入扣繳憑單。這些看似細節的規定，若公司薪資系統或人資沒有正確設定，長期下來很容易導致扣繳金額與員工實際應納稅額不符。

扣繳憑單別忘了在期限內申報

雇主每年須將員工前一年度全年薪資所得扣繳資料，於每年 1 月 31 日前彙報該管稽徵機關（如遇連續 3 日以上國定假日，申報期間順延至 2 月 5 日），並應於2 月 10 日前將扣繳憑單填發給納稅義務人（員工），如遇連假則順延至 2 月 15 日。

逾期申報或未依限填發，依《所得稅法》第 114 條，將處新台幣 1,500 元以上 20,000 元以下罰鍰；經稽徵機關限期責令補報或填發，仍未依限辦理者，將加重處 3,000 元以上 45,000 元以下罰鍰，也會造成員工個人綜合所得稅申報時資料不齊全的困擾，不可不慎。

兼職、非居住者所得扣繳規定不同

本國籍兼職員工若與公司具有僱傭關係，原則上仍適用一般薪資所得扣繳規定（差異僅在於是否已填報免稅額申報表，未填報者一律先按 5% 扣繳），並非另有一套稅率。真正扣繳率明顯不同的，是非中華民國境內居住之個人（多數外籍人士、非長期居留者）：

以現行基本工資每月 29,500 元計算，1.5 倍門檻即為新台幣 44,250 元。雇主在聘用兼職人員、外籍人士前，務必先確認對方的身份別與在台居留天數（是否構成「境內居住者」），才能正確履行扣繳義務，避免事後被要求補扣補繳。

仲達優勢：薪資扣繳交給代客記帳團隊，老闆不必再燒腦

仲達稅務記帳士事務所設立於 2010 年，深耕新北市中和區、服務雙北地區中小企業主超過 20 餘年，主持記帳士蔡秀敏更榮獲財政部「115年績優記帳士」肯定。我們提供完整的代客記帳與薪資扣繳申報服務，從每月扣繳稅額試算、伙食費與加班費免稅額判斷，到年度扣繳憑單申報與填發，全程由專業團隊為您把關，讓老闆專心經營事業，不必再為薪資申報的細節傷腦筋。